Un problema de valor propio generalizado (2º sentido) es de la forma

 Av = \lambda B v \quad \quad
donde A y B son matrices. Los valores propios generalizados (2º sentido) λ pueden obtenerse resolviendo la ecuación
\det(A - \lambda B)=0.\,
El conjunto de matrices de la forma A-\lambda B, donde  \lambda  es un número complejo, recibe el nombre de lápiz si Bes invertible, entonces el problema original puede escribirse en la forma
 B^{-1}Av = \lambda v \quad \quad
que es un problema de valores propios estándar. Sin embargo, en la mayoría de situaciones es preferible no realizar la inversión, y resolver el problema de valor propio generalizado con la configuración original.
Si A y B son matrices simétricas con entradas reales, entonces los valores propios son reales. Esto se aprecia tan fácilmente a partir de la segunda formulación equivalente, pues la matriz  B^{-1}A no es necesariamente simétrica si A y B lo son.
La aplicación de moleculares orbitales expuesta más adelante proporciona un ejemplo de este caso.

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