Un problema de valor propio generalizado (2º sentido) es de la forma
donde A y B son matrices. Los valores propios generalizados (2º sentido) λ pueden obtenerse resolviendo la ecuación
El conjunto de matrices de la forma
, donde
es un número complejo, recibe el nombre de lápiz si Bes invertible, entonces el problema original puede escribirse en la forma


que es un problema de valores propios estándar. Sin embargo, en la mayoría de situaciones es preferible no realizar la inversión, y resolver el problema de valor propio generalizado con la configuración original.
Si A y B son matrices simétricas con entradas reales, entonces los valores propios son reales. Esto se aprecia tan fácilmente a partir de la segunda formulación equivalente, pues la matriz
no es necesariamente simétrica si A y B lo son.

La aplicación de moleculares orbitales expuesta más adelante proporciona un ejemplo de este caso.
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